在《西游记》这部古典名著中，孙悟空、猪八戒、沙僧和唐僧四人组成取经团队，历经九九八十一难，最终取得真经。他们所面临的主要困难涵盖了自然环境、社会环境和心理挑战等多个方面。以下是对各选项的分析：
A. 妖魔鬼怪阻挠
- 这一点无疑是《西游记》中最鲜明的特点之一。在取经的路上，孙悟空、猪八戒和沙僧多次与各种妖魔鬼怪战斗，这些妖怪往往为了争夺宝物或满足自己的私欲而阻止唐僧一行人前进。这一困难在小说中占据了大量的篇幅，是《西游记》故事的核心元素之一。
B. 路途遥远艰辛
- 取经之路漫长且充满艰辛，从长安出发，历经千山万水，跨越无数险地。团队成员在长途跋涉中要面对极端的气候条件、地形险阻以及食物和水源的匮乏等问题。这一困难是物理层面的挑战，也是他们必须克服的。
C. 朝代更迭动荡
- 在《西游记》的故事发生背景中，确实存在朝代更迭的历史背景。然而，在小说的叙述中，这一点并不是他们面临的主要困难。虽然朝代更迭可能给取经之路带来一定的影响，如政权变化导致的社会动荡，但这并不是故事的主要冲突点。
D. 人类社会纷争
- 人类社会纷争在《西游记》中也有所体现，如村民与妖怪的冲突、朝廷官员的腐败等。这些纷争在一定程度上影响了唐僧一行人的取经之路，但它们更多的是作为故事背景存在的，而不是直接构成他们面临的主要困难。
综上所述，不是他们面临的主要困难的是：
C. 朝代更迭动荡
在《西游记》中，虽然朝代更迭是历史背景之一，但它并不是孙悟空、猪八戒、沙僧和唐僧四人取经过程中直接遭遇的主要困难。主要困难更多地集中在他们与妖魔鬼怪的斗争、路途的艰辛以及个人修行和心理的考验上。